Theo các nguồn khảo luận, tháng 12 năm 1216 (triều mạt Lý), khi thế lực nhà Trần đã mạnh lên, Trần Tự Khánh được phong làm Thái úy phụ chính, Trần Thừa làm Nội thị phán thủ và Trần Thị Dung được phong làm Hoàng hậu thì “sóng gió vương triều” đến với bà mới tạm lắng xuống. Đặc biệt, khi sinh hạ hai công chúa là Chiêu Thánh và Thuận Thiên, nhất là khi Lý Huệ Tông (Lý Huệ Sảm) mắc chứng tâm thần thì vai trò của Trần Thị Dung ngày càng được thể hiện rõ nét ở cương vị Hoàng hậu. Nhất là khi bà liên kết cùng Trần Thủ Độ trong “màn kịch” vua Lý Chiêu Hoàng nhường ngôi cho chồng là Trần Cảnh, chấm dứt hơn hai trăm năm cầm quyền của nhà Lý trên đất Đại Việt.